他提出的组织架构，是以行政院负责行政，枢密院负责军事，而内阁是负责决策的，骑士院是负责审议的，这样做是考虑到秦琅控制吕宋的时候，当然不会有什么大问题。
但将来秦琅的后人接掌吕宋府，就未必有他那样大的威望，甚至以后子孙可能也未必有真正治理吕宋的能力。
考虑到这些，他便计划构建一个相对安全可靠的管理构架。
这构架重点自然是分权。
如果按现在吕宋都督府来统领整个吕宋，那将来后人为都督却能力不行的时候，那么长史或司马这样的佐贰官，就有可能掌权，甚至架空都督的权力。
所以长远考虑，就得提前避免这种情况的出现。
“既然天子已经先用了这枢密院，那我们吕宋就得避嫌，换个名字吧。”
“改叫军机处。”
把原来都督府的职权一分为四。
行政院的核心是六曹，六曹之上自然是长史和司马，但秦琅的设计，是虚化长史和司马的权力，行政院的行政权力直接交给六曹。六曹参军事，实际负责行政事务，各负责一块。
长史和司马，则相当于大都督的师、傅，名头尊荣，实际上没有职权。
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